Запятая не нужна ни перед и, ни перед да: Утреннюю тишину нарушали лишь всплески воды, скрип уключин да крики чаек и бакланов.
Отвечая на Ваш вопрос, вспомним «Утреннюю гимнастику» Владимира Высоцкого. Вот какие рифмы к слову четыре использовал Владимир Семёнович: шире, квартире, мире.
Оба варианта верны.