К сожалению, школьный учебник, ставя перед собой задачу изложить правило кратко и однозначно, терпит неудачу, потому что в настоящем (а не школьном) русском языке однозначность здесь невозможна.
На самом деле логика в правиле есть, и она очень простая. В научных трудах по современной русской орфографии сейчас говорится так: не с качественными прилагательными и производными наречиями в позиции сказуемого пишется слитно или раздельно в зависимости от намерений автора выразить утверждение (слитное написание) или отрицание признака (раздельное написание).
Правильным будет написание девочка не красивая, девочка не красива, если можно подставить слова, подчеркивающие отрицание: девочка (отнюдь) не красивая, девочка (отнюдь) не красива. Например, если автор возражает кому-то, кто утверждает, что девочка красивая, он тем самым делает акцент на отрицании и пишет раздельно.
Правильным будет написание девочка некрасивая, девочка некрасива, если можно подставить слова, подчеркивающие утверждение: девочка (очень) некрасивая, девочка (весьма) некрасива. Если автор хочет подчеркнуть эту особенность внешности девочки, он напишет слитно.
Таким образом, окончательное решение о слитном и раздельном написании на самом деле принимает пишущий, который должен отдавать себе отчет в том, что́ он хочет выразить: отрицание признака — и тогда написать не отдельно от следующего слова или утверждение признака — и тогда написать не слитно. Это решение может быть принято только в условиях контекста.
Не с наречиями может писаться как слитно, так и раздельно. Раздельное написание подчеркивает отрицание называемого признака (отнюдь не кстати), слитное — подчеркивает утверждение (абсолютно некстати).
В этом сложноподчиненном предложении слово кажется представляет собой грамматическую основу главной части, к нему присоединена придаточная часть с помощью союза что. Вводные слова и сочетания отличаются тем, что грамматически не связаны с какими-либо частями предложения.
Отправная точка Вашего рассуждения — утверждение, будто словосочетание сердце погоста является неделимым. Но здесь неизбежно возникает вопрос: на каком основании делается это утверждение? Кижский погост, как и Преображенская церковь, — цельные собственные наименования, они действительно являются синтаксически неделимыми словосочетаниями. Сердце погоста таким наименованием не является. А если бы было сказано Центром Кижского погоста...; Жемчужиной Кижского погоста... — Вы тоже сочли бы словосочетания центр погоста, жемчужина погоста неделимыми? Для этого нет никаких оснований. Тот факт, что существительное сердце употреблено в переносном значении, отнюдь не является основанием для того, чтобы считать словосочетание неделимым.
Таким образом, Ваша претензия к сборнику безосновательна, относительно сказуемого в данном предложении в нем всё сказано верно.
В этом предложении одна главная часть (первая) и две придаточных. При наличии двух придаточных возможно или однородное подчинение, или неоднородное соподчинение, или последовательное подчинение. Это означает, что, если придаточных только два, совмещение однородного подчинения с последовательным исключено.
Безусловно, в предложении налицо однородное подчинение, которое подчеркивается наличием соединительного сочинительного союза между придаточными. Наличие сравнительного оборота в последней придаточной части к типу подчинения придаточных никакого отношения не имеет, поскольку это именно сравнительный оборот (обособленное обстоятельство образа действия внутри второй придаточной части), а не сравнительное придаточное.
Весьма относится к числу слов, подчеркивающих утверждение, поэтому при наличии этого слова правильно слитное написание: Пальто весьма недешево. А слова вовсе не, отнюдь не, наоборот, усиливают отрицание: Пальто вовсе не дешево. Пальто отнюдь не дешево.
Формулировка в справочнике по пунктуации Д. Э. Розенталя такова: «Если главная часть сложноподчиненного предложения находится внутри придаточной (в разговорном стиле речи), то запятая обычно ставится только после главной части (а перед ней не ставится)». В соответствии с ней в предложении действительно должна быть только одна запятая: Я его уж и не считала, сколько смотрела. Следует, однако, обратить внимание на слово обычно в формулировке правила, снимающее его категоричность.
Нет, точку ставить не нужно.
Слово совсем действительно может как усиливать утверждение (в своем первом значении), так и подчеркивать отрицание (во втором значении). В этом случае окончательное решение принимает автор.
Да, вполне допустимо, хотя возможно и совместить утверждение с аргументом в одном абзаце.
