Правильно: выпуск пропусков.
Первый вариант лучше.
См.: https://gramota.ru/uchebnik/uprazhneniya?cat=1 и https://gramota.ru/uchebnik/uprazhneniya?cat=3
Верно только инструкция по заполнению документа.
Корректно: ...поля обязательны для заполнения.
Оба варианта корректны.
Предлог ПО в значении "после" требует постановки существительного в форму предложного падежа. В этом значении правильно: по заполнении.