Убрано — это не наречие, это краткое причастие. Краткие формы страдательных причастий прошедшего времени пишутся с одним н, напр.: читан, читана, читано, читаны; прочитан, прочитана, прочитано, прочитаны; мечен, мечена, мечено, мечены; помечен, помечена, помечено, помечены. Так же пишутся формы среднего рода в безличном употреблении, напр.: накурено, насорено, езжено, хожено и др.
Корректно: Убраны 21 499 тонн зерна.
Существительное заначка образовано от глагола заначить и обозначает: 1) нечто прибереженное, спрятанное, убранное про запас, то, что может быть использовано, израсходовано в будущем; 2) место, где нечто спрятано, убрано от других, хранится про запас, на будущее. Предложное сочетание в заначке может выражать наречное значение признака (образа, способа) действия, состояния или предмета: хранить в заначке, быть в заначке, деньги в заначке.
Разница стилистическая: прибрано - разговорный синоним слова убрано (об уборке).