Вопрос об употреблении слова тысяча является дискуссионным и недостаточно выясненным. В свое время Н. М. Карамзин писал: «Где же узнаете, как должно писать: с двумя стами Гранадер или Гранадерами, с двумя тысячами рублей или рублями? Вот камень преткновения! Вот узел Гордиев!» Этот гордиев узел не разрублен до сих пор, хотя со времен написанного Карамзиным прошло более двух веков. Л. К. Граудина называет слово тысяча грамматическим хамелеоном, поскольку оно ведет себя то как числительное, то как существительное. Это находит свое отражение даже в наличии двух форм тв. п. ед. ч.: тысячей и тысячью (вторая форма употребляется в составе количественных оборотов и образована по модели числительных — пятью, десятью и пр.). Двойственность грамматической природы слова тысяча проявляется и на уровне его сочетаемости в составе количественных оборотов. Часто утверждается, что слово тысяча в функции числительного согласуется с существительным, а в функции счетного существительного управляет существительным. Тем не менее, как отмечает Д. Э. Розенталь, «во множественном числе слово тысяча, как правило, употребляется в значении счетного существительного и управляет связанным с ним словом: город с двумя тысячами жителей».

Корректно: Компания оперирует более чем 50 тыс. [читается как пятьюдесятью тысячами] вагонов; Сведения более чем о тысяче работников.

Верно: карта с 2000 (читается как с двумя тысячами) баллов.

Верно: 75 тысячами мальков осетра. Существительным мальков управляет слово тысяча (грамматически — существительное), требующее от него формы родительного падежа множественного числа.

Правильно: одна две тысячи пятисотая секунды. Это порядковое числительное, а у составных порядковых числительных склоняется только последнее слово, остальные слова не изменяются. Например: двадцать первый день, пятьсот сороковой посетитель.

Существительным километр управляет слово тысяча, которое по своим грамматическим свойствам является существительным. Форма управляемого существительного во всех сочетаниях с главным словом тысяча сохраняется: тысяча километров, в тысяче километров, в двух тысячах километров, двумя тысячами километров, но в двух километрах, двумя километрами (два — числительное, а в формах косвенных падежей числительное согласуется с существительным, а не управляет им). О грамматических свойствах числительных и слов тысяча, миллион, миллиард и т. п. можно прочитать в учебниках русской грамматики, например в учебнике Е. И. Литневской на нашем портале.

Фраза читается так: в комплекте с семью тысячами бонусных рублей; то же и при цифровой записи: в комплекте с 7000 бонусных рублей. Существительным рубль управляет слово тысяча. 

Верно: выбор между тысячами жизней.

Верно: одарил каждого двумя тысячами рублей.

Верно: двух (пяти) тысяч рублей, двум (пяти) тысячам рублей, две тысячи (пять тысяч) рублей, двумя (пятью) тысячами рублей, о двух (пяти) тысячах рублей.