Стоянка поезда – одна минута. Согласно протоколу, решению, расписанию.
Оба варианта верны.
Ошибки нет.
Выбор слова зависит от того, где находится стоянка: на земле (например, во дворе дома) — наземная стоянка, над землей (например, на нескольких этажах специального здания) — надземная.