В подобных предложениях союз как имеет значение приравнивания (= «в качестве»). В таком случае оборот с союзом как не обособляется.
Пишутся с нн причастия и прилагательные на -ованный, -ёванный, -еванный (образованные от глаголов на -овать, -евать), напр.: балованный, корчёванный, линованный, малёванный, организованный; выкорчеванный, избалованный, намалёванный, разлинованный, реорганизованный.
Правильно: Однако перечень, сформированный в подпункте 19.6 НК РФ, не соответствует перечню организаций, указанных в подпункте...