Судя по практике письма и примерам из справочников, решающий фактор необособления сравнительного оборота состоит в том, что без него сказуемое не может выразить нужный смысл, действительно как в случае 1. Смысловая значимость какого бы то ни было оборота подчеркивается порядком слов: оборот находится в ударной позиции, то есть после сказуемого и в конце предложения (или в конце части сложного предложения); в случае 4 такого не наблюдается.

Оба варианта предложения некорректны, так как сопоставить ("сравнивая, соотнести друг с другом для получения каких-л. выводов") можно только вещи одного порядка. Сопоставлять растения и особенности так же невозможно, как сравнивать, например, мягкое и быстрое. 

В первом предложении есть стилистические погрешности, во втором явно пропущены логические звенья, что делает его смысл неясным. Их точно нельзя назвать примерами образцового русского языка. 

Сочетания предстанет возможность, предстала возможность не только имеют право на существование, но и существуют: в публицистических и художественных произведениях двух минувших веков и в настоящее время встречаются предложения, в которых сказуемое и подлежащее выражены именно этими словами. Стоит только заметить, что чаще употребляется глагол в форме прошедшего времени предстала, что, по-видимому, объясняется уже внешними причинами, имеющими отношение к характеру связи понятия «возможность» с категориями прошлого и будущего. Словарные описания глагола предстать можно анализировать и сравнивать, используя материалы специального раздела на нашем портале. В толкованиях не обнаруживаются такие смысловые признаки, какие препятствовали бы употреблению обсуждаемых сочетаний.

Возможно, здесь есть логическая ошибка (неясно, как сравнивать историю и отношение). Но точный ответ можно дать, только зная контекст.

Запятая не нужна: Сравнивать их смысла нет.

Правильно: Малага. См.: Агеенко Ф. Л. Словарь собственных имён русского языка. М., 2010 (электронная версия – на нашем портале).

Ударение в названиях Базель и Марсель сравнивать некорректно, т. к. эти названия пришли из разных языков: Базель – из немецкого, Марсель – из французского (в котором ударение всегда на последнем слоге). Кроме того, ударение в иноязычных географических названиях в одних случаях соответствует ударению в языке-источнике, а в других побеждает традиционный для русского языка вариант, отличающийся от оригинала (Вашингтон, а не Уошингтон). Поэтому во всех спорных случаях надо обращаться к словарю.

Верно: сравнивать несравнимое.

Предложение построено неудачно, его смысл неясен. Глупо сравнивать Бивиса с Баттхедом, Мастера с Маргаритой и т. д.? Или речь идет о сравнении пар: Бивиса и Баттхеда с Мастером и Маргаритой?

Незачем здесь надо писать слитно. Остальное верно.