Корректно: окончили.
Лучше так: программа 5-го и 6-го классов.
Без литеры чаще пишут словами; с литерой, на наш взгляд, лучше писать цифрой.
Верен первый вариант.
Мы уже отвечали на этот вопрос. См. 295224
Лучше: ученицы 2 класса.
В доступных нам справочниках рекомендаций нет. Предпочтительно: 5 «А» класс.