В "Русском словесном ударении" - р. п. физрУка, военрУка, политрУка и т. д. Но в живой речи чаще встречается вариант с переносом ударения на окончание: физрукА, военрукА, политрукА.

Решение остается за Вами. Фактически оба словаря нормативны.

Ударение обнял допускается в русском литературном языке, это не ошибка. Но  предпочтительный вариант – обнял, поэтому в словарях, адресованных работникам эфира (к ним относится, например, словарь М. В. Зарвы «Русское словесное ударение»), фиксирующих самую строгую норму, будет дано только ударение обнял.

По воле автора эта запятая может быть поставлена.

Так передается буква, обозначающая ударный гласный звук. 

Доверять можно обоим словарям. Важно помнить, что у них разный адресат и разные цели. «Русское словесное ударение» – словарь, адресованный в первую очередь работникам эфира. В словарях, адресованных работникам радио и телевидения, в подавляющем большинстве случаев варианты не даются, выбирается только один вариант, рекомендуемый для эфира.

Что касается ударения в слове обнял: предпочтительно обнял (поэтому этот вариант рекомендуется для употребления в эфире), но допустимо (т. е. менее желательно, но тоже правильно) и обнял (поэтому этот вариант есть в орфографическом словаре).

Такова литературная норма. Объяснить, почему ударение в слове падает на тот или иной слог, нельзя. Русское ударение свободное, разноместное, может падать на любой слог (в отличие, например, от французского языка, где ударение фиксированное – всегда на последнем слоге).