Правильно: в селе Молчаново. Без родового слова: в Молчанове (предпочтительно) и в Молчаново (допустимо).
Географические названия в сочетании с родовым словом обычно не склоняются, когда род обобщающего нарицательного слова и топонима не совпадают (как в приведенном примере). Поэтому верно: в селе Николаевка.
Корректно: в селе Советском.
Как правило, в подобных случаях название не склоняется: в селе Боготол.
Верно: в селе Лозном.
Предпочтительно: в селе Изобильном.
Название не склоняется в сочетании с родовым словом: живу в селе Альшихово. Но (без родового слова): живу в Альшихове (предпочтительно) и живу в Альшихово (допустимо).
В селе = в сельском населенном пункте. На селе = вообще в сельской местности.