Корректно: школа города Шатуры.
Выбор предлога зависит от контекста, например: поехать в НПО, жалоба на НПО.
Правильно: касается личности (без предлога).
Запятая не нужна.
Верно: города Самары.
Это название по сути представляет собой прозвище. Трудно спорить о корректности или некорректности прозвищ.