В официальном названии организации с прописной буквы пишется первое слово и собственные имена, например: Спортивная федерация армейского рукопашного боя России. Термины пишутся со строчной буквы: армейский рукопашный бой.
Выбор предлога зависит от контекста. Ср.: бросить в бой, но вызвать на бой.
Правильно: в рукопашном бою.
Слово бой в значениях ‘сражение’, ‘напряженная борьба’, ‘поединок боксеров’ в предложном падеже с местным значением имеет форму в бою. При объектном значении падежа рекомендуется форма в бое: нуждаться в бое (см. Еськова Н. А. Краткий словарь трудностей русского языка. Грамматические формы. Ударение. М., 1999. С. 37). В значении ‘однородные звуки’ (бой часов и т. п.) слово бой образует форму предложного падежа в бое.
Корректно: Он не принял бой.
Слитно пишется наречие врукопашную 'действуя руками или ручным оружием (в борьбе, в бою с противником)': драться (как?) врукопашную, схватиться врукопашную, сойтись врукопашную, солдаты дрались врукопашную.
Раздельно пишется сочетание предлога в и существительного рукопашная 'схватка, бой, осуществляемый без оружия или холодным оружием, штыками, прикладами': солдаты пошли в рукопашную.
Слова, одинаковые по звучанию, но разные по значению – омонимы. Правда, бой в значении "состязание, поединок, схватка" и бой в значении "звуки, производимые дробными ударами чего-либо" нельзя назвать омонимами – это просто разные значения многозначного слова. Подробнее о многозначных словах и омонимах см. в пособии Е. Литневской.
Запятая нужна. Если ее не поставить, то получится, что решающих боев много и речь идет о последнем из них.
