Верно: существа обитают на рифе.
Корректно: гитарный рифф (англ. riff, хотя фиксации этого слова в словарях русского языка нет).
Форма р. п. мн. ч. существительного нить - нИтей.
Верно: гитарный рифф.
Мужской вариант склоняется: Филей, Филея, Филею и т. д.