Корректен первый вариант, если под положением понимается свод правил.
Согласны. Логически верно: Инструкция по идентификации опасностей, оценке и управлению рисками. Иначе получаются странные по смыслу сочетания "индентификация оценки" и "идентификация управления".
Сочетание некорректно. Верно: методы оценки рисков и управления ими.