Запятая после тот нужна.
Корректно: И если человек не сможет расплатиться, деньги ему вернут, за исключением, может быть, каких-то издержек.
В таком случае мы не сможем расплатиться за сырье и энергоносители, и не сможем обеспечить Вам необходимый запас, и вынуждены будем остановить печь.