Следует писать с большой буквы: Анапский район.
Корректно дефисное написание, так как прилагательное образовано от названия населенного пункта, включающего имя и фамилию (Бободжан Гафуров). Ср.: Лев-Толстовский район (от названия поселка Лев Толстой). См. также правило (пункт 3).
Со словом деревня имя собственное склоняется при совпадении рода обоих слов (т. е. если географическое название женского рода). Литературная норма: в деревне Полоной, в деревне Нежковке. В официально-деловой речи, в документах название останется в несклоняемой форме.
Рекомендуем такой вариант: передало в собственность Аургазинского муниципального района Республики Башкортостан.
В сочетании с родовым словом район название Черемушки не склоняется. Верно: в районе Черемушки, из района Черемушки.
Поскольку оба названия имеют в дательном падеже одну и ту же форму, определить затруднительно.
Топоним склоняется. Правильно: в Сколкове и в Сколково, но: в деревне Сколково. Подробно о склонении географических названий см. в «Письмовнике».
Оба варианта возможны.
Верно: деревня Кашина, деревни Кашины, деревне Кашине, деревню Кашину, деревней Кашиной, о деревне Кашине.
Тире не ставится: между подлежащим Семеновка и сказуемым древняя деревня находится вводное слово оказывается.
