Правильно: пантон. Так называется компания, которая разработала схему подбора цвета. Позже имя собственное "Пантон" стало нарицательным.
Написание слова можно проверять в окне «Искать на Грамоте»: пелотон.
Нормативными словарями современного русского языка это существительное не зафиксировано, так что говорить о строгой нормированности его произношения не приходится. С одной стороны, этимологически термин пергон имеет немецкое происхождение и представляет собой контаминацию двух слов (pergola "крытая, решетчатая аллея, галерея" и gabion "ящик из металлической сетки") — а немецкое слово имеет ударение на первом слоге. С другой стороны, для русского языка гораздо более естественным является ударение на втором слоге.
Корректно: Общество с ограниченной ответственностью «Научно-производственная лаборатория "Протон"» заключило договор.
Запятая нужна. Если это заголовок, верно: Меркурий и Плутон, или Как работают левое и правое полушария мозга (без точки).
Корректно: Частицы, из которых состоят атомы различных веществ, — электрон, протон и нейтрон — назвали элементарными.
Корректно: соус песто.
Написание пока не устоялось, слово фиксируется словарями в двух вариантах: пелотон и пелетон. Предпочтительно: пелотон (такова фиксация в «Русском орфографическом словаре» РАН).
