Правильно с прописной буквы.
Запятая нужна. Наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения.
Правило изложено в рубрике "Письмовник" на нашем портале: Трудные формы множественного числа имен существительных.
Наименования, написанные латиницей, кавычками, как правило, не выделяются: табличный процессор EXCEL.
Правильно: Уважаемый профессор Иванова!