Запятая не ставится.
Корректно: Общество с ограниченной ответственностью «Научно-производственная лаборатория "Протон"» заключило договор.
Внимательный
Внимающий
Спасибо за внимание
Принимая во внимание
Обратите внимание
Запятая не ставится.
Корректно: Общество с ограниченной ответственностью «Научно-производственная лаборатория "Протон"» заключило договор.