Верно: при наличии паспорта.

Обстоятельственные обороты «при наличии (чего-либо)» могут обособляться с целью интонационно-логического выделения. Решение принимает только автор текста. Отсутствие обособления ошибкой, конечно же, не будет.

Корректно: Настоящий договор заключается при наличии у Заказчика отвечающего установленным техническим требованиям энергопринимающего устройства, присоединенного к сетям Исполнителя, и другого необходимого оборудования, а также при обеспечении учета потребления электроэнергии.

Это причастие: при наличии не урегулированных в ходе проверки разногласий.

Верно: Довожу до вашего сведения, что соразмерность взыскиваемой задолженности можно рассчитать только при наличии заявления о выдаче судебного приказа и прикрепленного к нему расчета задолженности.

Напомним правило:

Обороты с производными предлогами и предложными сочетаниями обязательно обособляются, если они располагаются между подлежащим и сказуемым: разрыв их непосредственной связи и способствует выделению оборотов.

А теперь, собственно, к проблеме: считать ли слова "с помощью" и "при наличии" производными предлогами? В словарях эти сочетания обозначаются как выступающие "в значении предлога", но не как собственно прелоги. В чем различие? В том, что в русском языке возможны полноценные словосочетания помощь друзей и наличие друзей, в которых слова помощь и наличие - главные компоненты; настоящие производные предлоги таких сочетаний обычно не образуют. Сравните: благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от... (Согласны, в некоторых случаях образовать словосочетание получится, но это уже вопрос, скорее, к формулировке правила.)

Таким образом, на наш взгляд, в приведенных Вами двух последних примерах постановка запятой обязательной не является.

Приведенный Вами текст следует интерпретировать следующим образом: наименование медицинского изделия указывается в соответствии с титульным листом регистрационного удостоверения, а в случае если имеется еще и приложение к регистрационному удостоверению, то указывается наименование, содержащееся в таком приложении. Однако формулировка не позволяет ответить на вопрос, следует ли при наличии приложения указывать только название, которое содержится в нем, или же необходимо указать и название, обозначенное на титульном листе регистрационного удостоверения, и название, указанное в приложении. 

См. ГОСТ Р 6.30-2003: «Если письмо имеет приложение, не названное в тексте, то указывают его наименование, число листов и число экземпляров; при наличии нескольких приложений их нумеруют, например: Приложение: 1. Положение об Управлении регионального кредитования на 5 л. в 1 экз. 2. Правила подготовки и оформления документов Управления регионального кредитования на 7 л. в 2 экз.».