Напомним правило:

Обороты с производными предлогами и предложными сочетаниями обязательно обособляются, если они располагаются между подлежащим и сказуемым: разрыв их непосредственной связи и способствует выделению оборотов.

А теперь, собственно, к проблеме: считать ли слова "с помощью" и "при наличии" производными предлогами? В словарях эти сочетания обозначаются как выступающие "в значении предлога", но не как собственно прелоги. В чем различие? В том, что в русском языке возможны полноценные словосочетания помощь друзей и наличие друзей, в которых слова помощь и наличие - главные компоненты; настоящие производные предлоги таких сочетаний обычно не образуют. Сравните: благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от... (Согласны, в некоторых случаях образовать словосочетание получится, но это уже вопрос, скорее, к формулировке правила.)

Таким образом, на наш взгляд, в приведенных Вами двух последних примерах постановка запятой обязательной не является.

Противоречие можно объяснить тем, что в толковании слова устный Вы не найдете слова уста. Морфемный словарь следует формальному критерию: если этимологически близкого слова нет в толковании, то корни будут разными. Как нам кажется, в случае со словом устный этим формализмом можно было бы пренебречь. Впрочем, Вы можете ориентироваться и на рекомендации словаря, почему нет?

Вот что пишет Е. А. Литневская: "Все виды формообразующих морфем (окончание, формообразующий суффикс) не входят в основу слова. Основа — это обязательный элемент морфемной структуры слова, выражающий лексическое значение слова. Формообразующие же морфемы, выражая грамматические значения, не изменяют лексического значения слова".

При этом мы считаем, что нельзя дать однозначный ответ на вопрос, входят ли суффиксы превосходной степени прилагательных в основу слова или нет, поскольку такие суффиксы выражают значение, которое можно считать как грамматическим, так и лексическим (степень выраженности признака).

Склоняется, конечно. Правильно: опубликовано в «Международном неврологическом журнале». Ср.: опубликовано в «Литературной газете».

Постановка запятой не требуется (определения характеризуют определяемое слово с разных сторон).

Постановка двоеточия избыточна.

См. в «Письмовнике».

1. Прилагательные существенный и принципиальный можно считать синонимичными в данном случае в значении 'важный'. 2. Ударение можно проверять в окне «Искать на Грамоте».

В рассматриваемой конструкции сказуемое может иметь как форму множественного, так и форму единственного числа. При подлежащем, обозначающем большое количество предметов и воспринимаемом как одно целое, сказуемое обычно ставится в единственном числе.