Слитное написание корректно: Несмотря на неотпускающую лёгкую головную боль...
Если есть общие слова, запятая между частями сложносочиненного предложения не ставится. Но здесь перед нами простое предложение с однородными сказуемыми. Запятая не нужна.
Здесь верно написание с одним Н.