Верно: Это было около двух-трех миллионов лет назад.

Пунктуация зависит от того, есть ли у слов в будущее значение уточнения или пояснения. Такое значение может появиться при соответствующей интонации. Если такой интонации нет, то и пояснения и уточнения в данном случае нет.

Сравните с аналогичным примером из дневников И. А. Бунина: Он говорит, что Белый ненавидит большевиков, только боится, как и Ремизов, стать эмигрантом, отрезать себе путь назад в Россию.

Да, это выражение плеонастично, хотя его использование, как правило, не представляет собой речевой ошибки.

Миллениум – тысячелетие; граница тысячелетия. Использовать это существительное вместе со словом лет нельзя.

Возможны варианты с запятой и без нее, выбор зависит от интонации.

Запятая не нужна. Это предложение по структуре простое, подлежащее выражено местоимением все, сказуемое – сравнением как пятнадцать лет тому назад. В таких случаях знак препинания обычно не ставится, но в случае акцентирования сказуемого допускается тире.