Да, словарные рекомендации разнятся. На наш взгляд, предпочтительно ориентироваться на академический «Русский орфографический словарь» (4-е изд., М., 2012), в котором зафиксировано: первобытно-общинный.
Орфографический словарь рекомендует дефисное написание. Использование дефиса обусловлено наличием суффикса Н в первой части составного слова.
Правильно через дефис: первобытно-общинный.