Однозначного ответа нет. Приставка "а" есть в греческом языке, из которого заимствовано (целиком) слово атеист. С точки зрения синхронного (современного) словообразования приставка не вычленяется. При этом морфемные словари выделяют в этом слове приставку и суффикс: а/те/и'ст/.