Обособление не требуется.
Вариант передохнуть от чего-либо корректный и зафиксирован в словарях.
Определение или уточняющий оборот.
В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.
Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.
Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.
Слово ухожей склоняется как неодушевленное существительное мужского рода с основой на -ей:
| Падеж | ед. число | мн. число |
|---|---|---|
| именительный | ухожей | ухожья |
| родительный | ухожья | ухожьев |
| дательный | ухожью | ухожьям |
| винительный | ухожье | ухожья |
| творительный | ухожьем | ухожьями |
| предложный | ухожье | ухожьях |
Запятая перед подчинительным союзом как будто нужна. Если есть намерение акцентировать особенности речи субъекта, обозначенного местоимением он, нужно добавить в главную часть соотносительное слово, на которое будет падать логические ударение, например: Он говорил с ними так, как будто без охоты возился с детьми.
Правильно слитное написание. Наречие втайне (то же, что «тайно») пишется слитно. Раздельно пишется сочетание предлога с существительным в тайне, ср.: сохранить план в тайне.
