Опустим пока первую часть предложения Он меня спросил, рассмотрим вопросительное предложение, содержащее название романа. Правила здесь такие. Если перед закрывающей кавычкой стоит знак вопросительный, восклицательный или многоточие (и на этом предложение заканчивается), то те же знаки, необходимые по условиям всего предложения, не повторяются после закрывающей кавычки.
Ты читал роман «Что делать?»
А вот неодинаковые знаки (перед кавычкой и после кавычки) ставятся.
Как можно не любить роман «Что делать?»!
Приведенное Вами предложение – повествовательное с прямой речью, содержащей вопросительное предложение. Знаки препинания корректно расставить следующим образом.
Он меня спросил: «Ты читал роман "Что делать?"»
Запятые при подобных повторах нужны: Шёл он, шёл, пока не нашёл. Ехал грека, ехал, пока не приехал.
Верно: найти двух одинаковых бабочек.
Пунктуация при словах в принципе зависит от смысла, который вкладывает автор текста. Подробно см. в "Справочнике по пунктуации".
В корне приведенных Вами слов происходит чередование им/я. Об этом чередовании как об орфографическом явлении можно прочитать в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря».
Форма выбрана верно. После числительных два, три, четыре, а также составных числительных, заканчивающихся на два, три, четыре (например: 22, 73, 294), существительное ставится в форму род. падежа ед. числа.
Тире поставлено верно, см. параграф 60 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина.
Разница словообразовательная: с суффиксом -ов- (слово плодово-овощной образовано от прилагательных плодовый и овощной) и без него (от существительных плод и овощ с последующей суффиксацией "н"). От этого зависит написание.
Предложение построено неудачно. Возможен такой вариант: Если в книге покупок отражены различные наименования продавца (поставщика) с указанием одинаковых ИНН и КПП, то это не должно вызвать претензии со стороны проверяющих.
Фонетический слог и слог для переноса – разные понятия. Подробнее см. в пособии Е. И. Литневской.