Правила обособления дополнений, обстоятельств, выраженных существительными с предлогами, относятся к тем пунктуационным правилам, которые подчеркивают смысловые взаимоотношения частей предложения-высказывания. Поскольку смысловые оттенки речи могут быть разнообразными, то и знаки, ориентированные на их передачу, допускают вариантность. Именно поэтому не приходится говорить о жесткой обязательности выделения / невыделения запятыми тех или иных оборотов. Слово «обычно» подчеркивает, что в большинстве контекстов оборот с предлогом кроме выделяется запятыми. Но можно предположить, что в каких-то ситуациях запятые будет лишними, помешают автору выразить свою мысль.

Запятые нужны: Я проснулась, как обычно, в 9 часов утра.

Да, в этом случае следует использовать обращение Ваше Святейшество.

Это слово испытывало колебания в написании (что часто бывает с недавно заимствованными словами), но сейчас нормативно: бочче. Именно такое написание зафиксировано академическим «Русским орфографическим словарем».

Написание в электронной версии словаря на нашем портале исправлено.

Разрядка как нешрифтовой прием выделения существует, но уместна она далеко не всегда. Вот что написано о разрядке в «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л. К. Чельцовой: «Прием подходит для скрытых в тексте заголовков, логических усилений, мнемонически-справочных и структурных выделений отдельных слов и словосочетаний, когда нужно разнообразить приемы, по-разному оформляя различные виды выделений. Многие художники-оформители считают, что разрядка снижает качество набора полосы, ухудшает общее впечатление от нее, и предпочитают ей шрифтовые приемы выделения. При большом числе выделений разрядкой многословных сочетаний она снижает не только удобочитаемость текста, но и емкость печ. листа». Видимо, в силу этих причин разрядку используют всё реже.

Запятая ставится.

Да, рекомендации в словарях и энциклопедиях разнятся. Представляется разумным такой подход. Кавычки ставятся с целью предупредить неверное понимание слова, поэтому, если из контекста понятно, что речь идет о заболевании, кавычки можно смело опустить: эпидемия испанки. Если же контекст допускает разные толкования (например: в этой статье автор рассказывает об испанке), кавычки лучше поставить, они снимут неоднозначность.

По правилам тире не требуется, но оно может быть поставлено для интонационного усиления.

Прилагательное, образованное от нарицательного существительного автозавод, может произноситься двояко: автозаводский (это предпочтительный вариант, соответствующий строгой литературной норме) и автозаводской (допустимое употребление, менее желательное, но не ошибочное). Поэтому название улицы в Ижевске, скорее всего, тоже правильнее произносить как Автозаводская. Но лучше уточнить в администрации Ижевска.

Деление слова на слоги, действительно, связано с разными научными теориями слога. Общепринятые школьные правила слогораздела см. здесь: http://www.gramota.ru/book/litnevskaya.php?part1.htm#7