Приложение индивидуальный предприниматель Иванова Анна Александровна в обоих случаях следует выделить либо запятыми, либо тире с обеих сторон.
Верно: Размер такого обеспечения исполнения обязательств должен быть указан заказчиком в извещении, в случае если такая обеспечительная мера применяется при проведении закупочной процедуры.
Подробное объяснение Вы найдете в "Справочнике по пунктуации".