Обращения обособляются, во фразе Здравствуйте, Николай Кузьмич! запятая обязательна. Однако слово уважаемый входит в состав обращения, поэтому во фразе Уважаемый Николай Кузьмич! запятая после слова уважаемый не ставится.

Верно: Ирина и Николай Шаркович.

Этимологически имена Никита и Николай, действительно, родственные: Никита – от греческого никетас 'победитель', Николай – от греческого Николаос от никао 'побеждать' и лаос 'народ' – другими словами, оба имени восходят в конечном итоге к одному и тому же греческому корню нике 'победа', никао 'побеждать'. Однако в современном русском языке Никита и Николай – два совершенно разных имени, а Никитич и Николаевич – соответственно разные отчества, называть Никитича Николаевичем (и наоборот) нельзя. Что касается замены отчества – она возможна только в порядке, установленном законодательством Российской Федерации (любое лицо, достигшее 14-летнего возраста, вправе переменить фамилию, имя и / или отчество, обратившись в органы записи актов гражданского состояния).

Директор – должность, академик – звание, доктор наук – ученая степень. Наименования ученых степеней и ученых званий и почетные звания выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и звание – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: директор Института Европы РАН академик РАН, д. э. н. Николай Шмелев.

Правильно: Николай-угодник.

Обращение типа Уважаемый Николай возможно. Консультант нашего портала О. И. Северская объясняет это тем, что сейчас все реже употребляется отчество, а вежливой формой обращения стало обращение по  «паспортному» имени.