Вы написали правильно. В обоих случаях используется частица не.

Верно: Из-за облаков появилось яркое, но не знойное летнее солнце.

Слово солнце может употребляться во множественном числе (но не имеет форм множественного числа астрономический термин Солнце, обозначающий центральное тело Солнечной системы). Приведенное Вами предложение корректно.

Да, такой вариант градационного сочинительного союза существует (основной его вариант — не только… но и).

Употреблять его имеет смысл в случае, когда речь идет фактически об одном и том же действии, признаке, но с очень разной степенью интенсивности: Солнце не просто грело, но и выпаривало последнюю влагу из уже пожелтевших листьев. Звучит такая конструкция не очень хорошо: намного лучше не просто... но даже, не просто… но. Солнце не просто грело, но даже обжигало кожу. Уместен и союз а в качестве второй части составного союза: Солнце не просто ярко светило, а буквально ослепляло.

Вариант не просто… а также вряд ли возможен, потому что при употреблении в первой части союза слова просто вместо только на первый план выходит идея контраста, а не соединения, а элемент также выражает идею соединения с попутным отождествлением, что несовместимо с контрастом.

Из двух предложенных вариантов более корректен первый, хотя предлог к лучше не повторять. Обратите внимание, что слово солнце употреблено здесь не в специфически астрономическом контексте, а потому пишется со строчной буквы: Добавьте влаги, и солнечные лучи покажут, куда стремится пшеничное зерно: в одном направлении, к солнцу — источнику жизни. Уместным также будет вариант с оформлением частей высказывания как отдельных предложений: Добавьте влаги, и солнечные лучи покажут, куда стремится пшеничное зерно. В одном направлении, к солнцу — источнику жизни.

Корректно: энергия Солнца.

Корректно: Не можем просто сказать: "Это красиво!", "Посмотри, какое солнце!" 

Правила Вы можете посмотреть в Полном академическом справочнике под ред. В. В. Лопатина.

В приведенных Вами предложениях знаки нужно расставить следующим образом. 

1. И хотя было уже поздно, я решил остаться. И когда взошло солнце, никто уже не спал. В начале предложения между союзом и и подчинительным союзом запятая не ставится. 

2. Они побежали и, если бы не свет от фонаря, точно растянулись бы на земле. Перед и запятая не нужна, так как союз соединяет однородные сказуемые; после и запятая нужна, так как придаточную часть можно переставить в другую часть предложения, что связано с отсутствием второй части союза если... то.