Слово помысел означает 'мысль, намерение, замысел' и не несет негативного оттенка. Сочетание чистые помыслы корректно.
Запятые ставить не нужно.
Да, но следует позаботиться о том, чтобы читатель правильно понял фразу. Поэтому уместно использовать кавычки.
Синонимы см. здесь, однако именно с тем значением, которое указали Вы, нам найти слова не удалось. Также см. ответ № 233492 .