В постановке кавычек нет необходимости.
См. в наших словарях.
Предпочтительно с запятой.
Конструкции-повторы предложных сочетаний с формами местоименных слов пишутся без каких-либо знаков внутри: На чём на чём нам надо поехать?
См. в «Словаре трудностей».
Если кусочки курицы тушили с шампиньонами, тогда правильно именно так, как предлагает корректор: кусочки курицы, тушенные с шампиньонами. Если же к тушеным кусочкам курицы потом добавили шампиньоны, верно: кусочки курицы тушеные с шампиньонами (= тушеные кусочки курицы с шампиньонами).
Все три варианта возможны, мы бы выбрали первый.
Плоды были не на деревьях, не между ними и не на дороге.