В словарях разные рекомендации: мужской род (по родовому слову альянс), женский (родовое слово - организация) и средний. Единой нормы в данном случае нет.
Грамматически верно "которые", но такой вариант создает возможность неправильного прочтения. Поэтому следует перестроить фразу.
Постановка запятой не требуется.
Предлагаем такой вариант: Джон Керри предостерег Анкару от любых действий, которые позволили бы усомниться в ее приверженности демократии и могли бы испортить отношения с союзниками по НАТО.
Корректно со строчной: расширение НАТО на восток.
Правильно с тире: предприниматель – физическое лицо, страны – члены НАТО.
Слово НАТО может употребляться как существительное мужского рода и как существительное среднего рода.
1. Такое употребление нарушает грамматическую норму. После слов заведующий, управляющий, командующий существительное ставится в форму творительного падежа.
2. Употребление аббревиатуры НАТО как существительного среднего рода корректно.
