Женская фамилия, образованная от мужской фамилии Королев, склоняется так: Королевой (все косвенные падежи, кроме винительного), Королеву (в.п.).
Если фамилия Королева прдставляет собой не притяжательное прилагательное с суффиксом -ев-, а существительное (что возможно, хотя и сомнительно с учетом традиции образования русских фамилий и употребления буквы Е вместо буквы Ё), то такая фамилия должна склоняться по образцу существительных типа мама: Королевы, Королеве и т. п.
Написание с двумя прописными буквами Червонная Королева появилось под влиянием английского источника (Queen of Hearts). О проблемах написания приведенных Вами типов названий подробно рассказано в статье «Прописные и строчные буквы в собственных именах людей, прозвищах, псевдонимах, кличках: из академических правил русской орфографии» Е. В. Арутюновой, Е. В. Бешенковой, О. Е. Ивановой.
Верно: по городу Королеву.
Первый вариант корректен.
Обе именных группы (настоящее парадное дерево, королева среди хвойных) имеют характеризующее значение с явным элементом образности. Между ними можно вставить союз и. А это означает, что перед нами два однородных сказуемых. Между определяемым словом и приложением союз вставить нельзя.
Женская фамилия КоролЁва склоняется: нет Королёвой, к Королёвой, с Королёвой, о Королёвой. Если же фамилия в им. п. (мужская и женская) звучит как КоролЕва, то такую фамилию нужно склонять как соответствующее нарицательное существительное: к Ивану Королеве, с Иваном Королевой и т. д.