В данном случае это синонимы, оба варианта верны.
Словарная фиксация: Мохаммед Али. См.: Агеенко Ф. Л. Словарь собственных имен русского языка. М., 2010.
Да, мужская фамилия Мохарей склоняется.
Склоняются все компоненты имени, оканчивающиеся на согласный: Абу Хамиса Фарука Махамада, Абу Хамису Фаруку Махамаду.
Такая же фамилия другого политического деятеля Мали дана в «Словаре собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко (М., 2010) как склоняемая и с ударением на первом слоге (несмотря на то что Мали – бывшая французская колония и официальный язык этой страны французский): Модибо Кейта, Модибо Кейты. По аналогии можно рекомендовать склонение и фамилии нынешнего президента (а также все компоненты имени, ведь они оканчиваются на согласный, а президент – мужчина): указ Ибрагима Бубакара Кейты, встреча с Ибрагимом Бубакаром Кейтой.
А как в паспорте у выпускника – Махамад или Махамадович? Написание в документах должно соответствовать написанию в паспорте.