Запятая перед соответственно не нужна. Сказуемое лучше поставить в форму множественного числа, а знак % отделить пробелом: Чувствительность и специфичность метода составили 62,5 % и 60,8 % соответственно.

В целом — наречие, не требует выделения знаками препинания. Для того чтобы прояснить конструкцию, предлагаем изменить формулировку: Полученные результаты в целом указывают на перспективность метода. 

Лучше разбить второе предложение на два. Например, так: Рассмотрена  принципиальная  возможность  сепарации  бедных  шеелитовых  руд в крупности -50+6 мм с использованием рентгеноабсорбционного метода на оборудовании TOMRA Sorting. В результате исследований установлено, что предварительная сепарация позволяет в 4-5 раз повысить содержание WO3 в питании последующего флотационного передела и выделить до 84% от машинных классов крупности – отвальные по содержанию WO3 хвосты сепарации. В конечном итоге это позволит предприятию снизить капитальные и эксплуатационные затраты при сохранении высоких технологических и экономических показателей.