Под конец, в конце = в заключение (также в знач. предлога). С заключением диссертации возможны варианты (в зависимости от контекста).
Правильно: при заключении.
Корректно: И в заключение хотелось бы выразить слова благодарности.
В знач. предлога: в заключение.
Верно: заключения договоров. Но лучше перестроить предложение, чтобы избежать нанизывания родительных падежей: ...с целью выяснения обстоятельств, при которых были заключены договоры.
В данном случае нет оснований для использования прописных букв.
Здесь верно: вместо.