Как правило, название такого структурного подразделения пишется со строчной буквы.
После проекта следует поставить запятую или тире.
Корректно: врио начальника отдела.
Корректно: Регламент разработал начальник группы Иванова Наталья Николаевна. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
Корректно без запятых.
С точки зрения грамматики возможны оба варианта. Выбор следует делать в зависимости от того, что означает та или иная должность.