Мягкий знак обозначает мягкость предыдущего согласного, т. е. фамилии Баль, Хиль, Филь и т.п. оканчиваются на согласный звук. А значит, они подчиняются общему правилу: мужские фамилии, оканчивающиеся на согласный, склоняются, женские – нет.
Мужские фамилии Баль, Хиль склоняются следующим образом: Баля, Хиля; Балю, Хилю; Баля, Хиля; Балем, Хилем; о Бале, о Хиле.
Орфографически корректно: Иль-де-Ботэ.
Оба варианта верны.
Знаки препинания расставлены корректно. О подобных случаях см. параграф 13.6 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.
Верно: клематис Виль де Лион.
Правила русского языка не регламентируют ударение в фамилиях. Произношение следует уточнить у носителя фамилии или в справочниках, если речь идет об известной личности.
Если вопрос о склонении, см. Склонение существительных в учебнике Е. И. Литневской.
Правильным было бы воспользоваться словарями, например в рубрике "Проверка слова" на нашем портале.