Корректно: Общество с ограниченной ответственностью «Научно-производственная лаборатория "Протон"» заключило договор.
Да, не пишется раздельно, т. к. есть противопоставление.
Правильно раздельное написание: кровно заработанное.
Правильно: из грОтов.
Запятые нужны. Сравнительный оборот как кокон обособляется.
В слове легко ударение падает на последний слог. Церковнославянский текст акцентуирован, и ударение там именно на последнем слоге.
Правильно: фольгированный (покрытый фольгой).
Запятая нужна.