Корректно: Общество с ограниченной ответственностью «Научно-производственная лаборатория "Протон"» заключило договор.
Правильно раздельное написание: кровно заработанное.
Да, не пишется раздельно, т. к. есть противопоставление.
Правильно: из грОтов.
Мужская фамилия Крот склоняется, женская – нет.
Запятые нужны. Сравнительный оборот как кокон обособляется.
Правильно: фольгированный (покрытый фольгой).
Это краткая форма прилагательного.