В словаре В. В. Лопатина, И. В. Нечаевой, Л. К. Чельцовой «Прописная или строчная?» (М., 2011) зафиксировано: крокодил Гена.
Это предложения, но не словосочетания.
Верно: кот Баюн (как крокодил Гена).
На этот прием языковой игры лингвисты обращали внимание. Один из примеров подобного морфологического средства выразительности: Крокодил, крокожу и буду крокодить. Разные специалисты по стилистике дают ему различные наименования, но в целом можно считать его грамматической метафорой.
Ответим словами Самуила Маршака:
Побежала мышка-мать,
Стала кошку в няньки звать:
- Приходи к нам, тетя кошка,
Hашу детку покачать.
Приложение, стоящее после определяемого слова (мышка-мать; еж-папа), присоединяется дефисом. Приложение, расположенное перед определяемым словом, пишется отдельно (тетя кошка, папа еж, дедушка крокодил, Братец Кролик).