Кавычки нужны, т. к. слово буханка употребляется не в своем обычном значении. Но кавычки можно опустить, если их постановка разрушит языковую игру: возьмем буханку белого... или красного?
Если приложение состоит из нескольких слов, то дефис заменяется на тире: страны — крупнейшие экспортёры каменного угля.
Формы ед. и мн. числа вариантны.
Если используется название на латинице, кавычки не нужны: Универмаг Au Pont Rouge.
Если Вы имеете в виду часть наименования после тире, то слово филиал следует использовать в том же падеже, что и слово мастерские.
И. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Р. п.: Механических мастерских – филиала федерального государственного казенного учреждения.
Д. п.: Механическим мастерским – филиалу федерального государственного казенного учреждения.
В. п.: Механические мастерские – филиал федерального государственного казенного учреждения.
Т. п.: Механическими мастерскими – филиалом федерального государственного казенного учреждения.
П. п.: (О) механических мастерских – филиале федерального государственного казенного учреждения.
Правильно: орден Трудового Красного Знамени, орден Октябрьской Революции.
Обе формы слова возможны.
