Верно: В отчетный период контролировалось исполнение...
Оба варианта верны, можете выбрать любой.
Пунктуация корректна.
Если определение стоит после счетного оборота (два, три, четыре + существительное), то чаще оно ставится в форме им. падежа мн. числа: за отчетный год и два года, предшествующие…
Это вполне закономерная форма. См., например: Жизненная мудрость состоит в том, чтобы обедать куском черного хлеба и есть его с наслаждением [А. А. Фет. Мои воспоминания / Часть I (1862-1889)]; Когда они вошли, девочка в одной рубашечке сидела в креслице у стола и обедала бульоном [Л. Н. Толстой. Анна Каренина (1878)] и т. п.