Оба варианта возможны.
Владимир, Вы как носитель этой фамилии вправе решать вопрос о склонении: возможно адъективное склонение (по образцу прилагательных: Топчего, Топчему и т. д.) и субстантивное склонение (по образцу существительных: Топчия, Топчию и т. д.)
Правильно: копия верна.
Лучше выбрать первый вариант: Остальных подростков зовут Лиам и Чарльз по прозвищу Пончик.
Запятая перед по прозвищу ставится или нет в зависимости от интонации. Дело в том, что приложение, присоединяемое словами по прозвищу, может выделяться запятыми, если нужно передать соответствующую интонацию. Если интонации обособления нет, запятая не нужна.
Верно: копия документа, копия паспорта.
Да, мужская фамилия Котик склоняется.