Корректны сочетания дверь в комнату и дверь комнаты. Ср., например: Костя открыл дверь в комнату и, бросив быстрый взгляд на Динку, остановился у стола. В. Осеева, Динка. Она не слышала, как Евграф Живаго отворил дверь в комнату и в нее хлынула толпа из коридора... Б. Пастернак, Доктор Живаго. А через минуту в дверь комнаты господина из Сан-Франциско легонько стукнул француз-метрдотель... И. Бунин, Господин из Сан-Франциско. Михайлыч приоткрыл дверь комнаты, громко хлопнул и громко пошёл мимо Егора... В. Шукшин, Калина красная.

Известность или неизвестность названия – важный фактор, влияющий на его склоняемость/несклоняемость в сочетании с родовым словом. Топоним Комрат не является хорошо известным, поэтому его лучше оставить несклоняемым: в городе Комрат. Впрочем, если текст ориентирован на читателей, которым хорошо знакомо это название (например, на молдавских читателей), то его можно и склонять.

Правильно: две, четыре ванных комнаты и ванные комнаты.

Не совсем понятен вопрос, но если имеется в виду название комнаты, в которой находится ванна для купания или мытья, то правильно: ванная.

Для широкого читателя в обоих случаях потребуются пояснения. Если речь идет об объявлении и нужно сказать, что комната не проходная, то обычно пишут изолированная комната.

В зависимости от контекста могут употребляться все три варианта. Обратите внимание, что посередине в значении "в центре" пишется слитно.

Верно: комната на двух (трех) человек.

Верно: переговорная, переговорная комната.

Если это полное предложение, то верен второй вариант.