Правильно: командующий войсками.
Правильно: командующий (чем?) корпусом, армией, флотом.
Правильно: главнокомандующий русской армией. Слова командующий, главнокомандующий, управляющий, заведующий и т. п. управляют творительным падежом.
Сочетание командующий флота неправильно.
1. Такое употребление нарушает грамматическую норму. После слов заведующий, управляющий, командующий существительное ставится в форму творительного падежа.
2. Употребление аббревиатуры НАТО как существительного среднего рода корректно.