Правильно: червонною листвой; заворожит.
Нет необходимости заключать это сочетание в кавычки.
Запятая нужна.
В обоих случаях запятые перед как нужны.
Дополнительные запятые не требуются.
Лучше: Неэффективные и отключенные из-за низкого CTR фразы уточняются системой.
Нужна только точка в конце предложения.
Предпочтительно: интегрировано в систему.
Здесь действует следующее правило.
При двух или нескольких управляющих словах общее зависимое слово допустимо тогда, когда каждое из управляющих слов требует того же падежа и предлога, например: читать и конспектировать книгу; подбирать и готовить кадры.
Наличие общего зависимого слова при различном управлении нарушает стилистическую норму, например: «с помощью и в сотрудничестве с местными организациями» (ср. правильный вариант: с помощью местных организаций и в сотрудничестве с ними).
Поэтому в Вашем случае верно: управление системой и контроль над ней. О предлогах при слове контроль см. в вопросе 277510.